Nach dem Studium der Biologie und Biochemie in Valencia und Tätigkeiten als Postdoc am European Molecular Biology Laboratory (EMBL) in Heidelberg und als Nachwuchsgruppenleiterin am Max-Planck-Institut für Neurobiologie in Martinsried ist Amparo Acker-Palmer seit 2007 Professorin des Exzellenzclusters "Macromolecular Complexes" der Goethe-Universität Frankfurt am Main. Seit 2011 ist sie Leiterin der Abteilung Molekulare und Zelluläre Neurobiologie am Institut für Zellbiologie und Neurowissenschaften des Fachbereichs Biowissenschaften der Universität Frankfurt am Main. 2010 erhielt sie für ihre Arbeiten zu "Parallelen in der Netzwerkbildung von Nervenzellen und Blutgefäßen" den Paul Ehrlich- und Ludwig Darmstaedter-Nachwuchspreis.
An der Johannes Gutenberg-Universität Mainz ist sie als Professorin des Forschungsschwerpunkts Translationale Neurowissenschaften (FTN) tätig und wird dort im Rahmen ihres GFK-Fellowships eine Arbeitsgruppe aufbauen. Zudem ist sie eine der leitenden Wissenschaftlerinnen des neu gegründeten Rhine-Main Neuroscience Network (rmn2), in dem universitäre und außeruniversitäre Forschungseinrichtungen aus Mainz und Frankfurt eng miteinander kooperieren.