Ursula Verhoeven-van Elsbergen ist seit 1997 Professorin für Ägyptologie an der Johannes Gutenberg-Universität Mainz (JGU), wo größere Drittmittelprojekte unter ihrer Leitung initiiert wurden, unter anderem leitete sie neun Jahre lang Projekte im Mainzer Sonderforschungsbereich 295 "Kulturelle und sprachliche Kontakte". Die international renommierte Wissenschaftlerin ist Mitglied in zahlreichen Gremien wie der Zentraldirektion des Deutschen Archäologischen Instituts. Seit 2009 ist sie Generalsekretärin des Internationalen Ägyptologen-Verbandes, 2011 wurde sie ordentliches Mitglied der Akademie der Wissenschaften und der Literatur Mainz, seit 2016 ist sie Mitglied im Forschungsrat der Rhein-Main-Universitäten. Sie ist im Trägerkreis des DFG-Graduiertenkollegs 1876 "Frühe Konzepte von Mensch und Natur: Universalität, Spezifität, Tradierung".
Ihre aktuellen Forschungsschwerpunkte liegen auf dem Gebiet der hieratischen Handschriften des alten Ägypten sowie auf der Feldforschung und Dokumentation der altägyptischen Nekropole von Assiut/Mittelägypten. Von März bis Oktober 2012 wurden Ergebnisse und Methoden dieses DFG-Langzeitprojekts im Rahmen einer großen Ägypten-Ausstellung im Historischen Museum Speyer präsentiert, an deren Gestaltung und Kataloghandbuch Ursula Verhoeven-van Elsbergen und weitere Mitarbeiter/innen des Instituts für Ägyptologie und Altorientalistik der JGU beteiligt waren. Seit 2015 leitet sie das auf 23 Jahre angelegte Projekt "Altägyptische Kursivschriften", das von der Union der deutschen Akademien der Wissenschaften gefördert wird.