Neben der Förderung individueller Exzellenz in Form von GFK-Fellowships und der durch sie induzierten Förderung wissenschaftlicher Schlüsselbereiche entwickelt das GFK auch direkt Perspektiven für die wissenschaftliche Ausrichtung der JGU in den nächsten fünf bis zehn Jahren und erarbeitet Vorschläge zu deren Realisierung. Bei einer zukünftigen interdisziplinären Ausrichtung, die instituts- oder sogar fachbereichsübergreifend geplant ist, kann das GFK zur Beratung herangezogen werden. So hat das GFK beispielsweise entscheidend im Profilbildungsprozess im Rahmen der Forschungsinitiative des Landes Rheinland-Pfalz mitgewirkt. Auch bei der Vorbereitung der Anträge für die Exzellenzstrategie des Bundes und der Länder hat das GFK eine wichtige Rolle gespielt.