Michael Kißener ist einer der führenden Experten für die Konzeption und Umsetzung einer regionalen Zeitgeschichte in Deutschland. Er hat seit dem Antritt seiner Professur für Zeitgeschichte an der JGU im Jahr 2003 sehr erfolgreich drei Forschungsgebiete ausgebildet, auf denen er interdisziplinär und international vernetzt arbeitet: 1) Die Rechts-und Justizgeschichte, insbesondere des 20. Jahrhunderts, 2) Die Geschichte des Nationalsozialismus und des Widerstands gegen den Nationalsozialismus, 3) Die regionale Zeitgeschichte des deutschen Südwestens. Auf diesen Gebieten hat er bislang nicht nur über 20 breit rezipierte Monographien und Herausgeberschriften veröffentlicht, sondern auch rund 100 wissenschaftliche Aufsätze in renommierten Zeitschriften, Sammelwerken und Lexika in deutscher, englischer und französischer Sprache.
Als GFK-Fellow arbeitet er an der Fertigstellung und Veröffentlichung der Ergebnisse des Forschungsprojekts "Die Geschichte des Bundesgerichtshofes 1950-1965". Seine zeithistorische Studie entsteht in enger Zusammenarbeit mit dem Kollegen Andreas Roth, der parallel dazu eine rechtshistorische Analyse wichtiger Urteile des BGH in dieser Zeit vornimmt, sodass am Ende eine umfassende Geschichte dieses wichtigen Gerichts in der Frühphase der Bundesrepublik Deutschland vorliegen wird.